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Python
Python笔记 - 模块学习
Python管理 - Mamba
200-操作系统
240-医院运维
培训
周二下午--门诊分诊导医系统（红十字）
300-生物信息学
310-分析流程（SOP）
基因组
基因组比较 -- 8703项目
绘制染色体上同源区段
病毒基因组
0101RNA病毒鉴定
0102病毒基因组1-流程
细胞器基因组
叶绿体
04叶绿体流程1-组装
04叶绿体流程2-注释
04叶绿体流程3-高级分析
04叶绿体流程4-个性化分析
植物线粒体
05植物线粒体流程1-组装
05植物线粒体流程2-注释
05植物线粒体流程3-高级分析
线粒体
05线粒体流程1-组装
05线粒体流程2-注释
05线粒体流程3-高级分析
05线粒体流程4-真菌版
进化树
06进化树流程-分歧时间
06进化树流程-常规
转录组
0800转录组流程0-rna编辑
重测序与简化
06KASP流程-通用-有参重测序&简化 or 无参简化
06T-DNA（外源基因）插入位点
07重测序流程1-常规有参
07重测序流程2-遗传进化
08简化测序流程1-有参ddrad
08简化测序流程2-无参ddrad
09基于snp的遗传多样性
09核心种质流程
10渐渗片段、标记开发
320-生信软件
BWA -- bwa-mem2
Primer3 -- 引物设计
Samtools
TBtools 2
Vcftools
330-细胞器组装
2代数据矫正3代数据
细胞器组装 -- 三代叶绿体 -- PlasTid Genome Assembly Using Long reads data (ptGAUL)
细胞器组装 -- 三代数据 -- Canu v2.3
细胞器组装 -- 三代植物 -- PMAT
细胞器组装 -- 二三代植物线粒体 -- GSAT - Graph-based Sequence Assembly Toolkit
细胞器组装 -- 二代数据 -- Getorganelle
细胞器组装 -- 细胞器 -- spades
340-群体遗传学
vcf文件相关操作
00VCF文件
01vcf挑选指定区间、指定样本、去除无差异行
高效替换VCF文件染色体名
参考基因组相关操作
01基因组提取指定区间 - 保留最长200条 - 修改序列名称 - 批量提取指定染色体
01查找参考基因组
02gff提取指定区间
10单倍型分析
10群体遗传进化分析详解
350-进化树
Raxml-ng
进化树构建 -- NJ法 -- rapidnj
进化树美化 -- web -- Evolview
360-谱系地理学
前寒武纪 -- 全新世
370-下载与数据库
NCBI数据库 -- ncbi-genome-download
SRA数据库 -- SRA Toolkit
400-项目记录
410-周度跟踪
2025Project--QandA
2025程序记录
420-流程变更日志
2024流程更改记录
430-项目备忘
线粒体
10415青虾项目
重测序
9521-2赵君23个棉花开发标记
9641项目回复-20241223
450-其他平台
ODOO平台
500-写作
510-公众号推文
JSHY
202204推文 Chloroplot-VX
520-剪藏
渐渗片段思路整理
02gff提取指定区间
相关笔记
INDEX--Bioinfo
INDEX--群体遗传学